Les missions et attributions de l’I.G.E sont définies à l’article 3 du décret n°2006-493 du 3 août 2006. Celles-ci se déclinent ainsi qu’il suit:

• contrôler dans les services publics de l’Etat l’observation des lois, ordonnances, décrets, règlements et instructions qui en régissent le fonctionnement administratif, financier, comptable et technique;
• apprécier la qualité de l’organisation et du fonctionnement de ses services, la manière dont ils sont gérés et leurs résultats financiers;
• proposer des mesures susceptibles de remédier aux manquements et insuffisances constatés dans l’organisation et le fonctionnement des services contrôlés;
• vérifier l’utilisation des crédits publics et la régularité des opérations des administrateurs, des ordonnateurs et tous comptables des derniers publics et matière, régisseurs;
• contrôler l’état et l’utilisation du patrimoine de l’Etat;
• contrôler la régularité et l’exécution des marchés et contrats de l’Etat; 
• procéder aux études prescrites par le Président de la République;
• sauvegarder les intérêts du trésor public;
• suivre les affaires contentieuses;
• lutter contre la fraude, la corruption et la concussion;
• participer aux travaux des commissions et aux groupes d’études relatifs aux diverses activités de l’Etat, sauf le cas où la loi en dispose autrement.